En la actualidad el área de investigaciones del CIS reúne en una serie de programas a varios grupos de investigación, bajo la denominación de Programas y Núcleos. Los mismos llevan a cabo diversos proyectos que son parte de los planes de trabajo de los investigadores de carrera de CONICET y de investigadores NO CONICET, con lugar de trabajo en el CIS.

Todos los programas y proyectos realizan actividades de intercambio con colegas e instituciones nacionales e internacionales, organizan jornadas y seminarios, llevan adelante programas de publicaciones y se abocan especialmente a la formación de jóvenes investigadores/as a través de dirección de becas y de tesis de doctorado y maestría, y de la docencia de posgrado.