- Programa de Antropología Social
- Ciudadanía y Derechos Humanos
- Programa de Estudios del Libro y La Edición
- Programa de Estudios sobre Juventud, Educación y Trabajo (PREJET)
- Programa de Estudios Socio-Económicos Internacionales (PESEI)
- Núcleo de Estudios Judíos
- Programa sobre Historia de los Saberes “PSI”
- Núcleo de Estudios sobre Memoria
- Periplos de las Fronteras Siglos XVIII – XIX
- Programa de Estudios sobre Saberes de Estado y Elites Estatales
- Núcleo de estudios sobre sociedad, ambiente y conocimientos
- Subjetividades políticas e identidades juveniles en naciones contemporáneas
- Programa en historia de la medicina y la salud: La Argentina en el mundo
En la actualidad el área de investigaciones del CIS-CONICET/IDES reúne una serie de programas que llevan a cabo diversos proyectos de investigación. Todos los programas realizan actividades de intercambio con colegas e instituciones nacionales e internacionales, organizan jornadas y seminarios, llevan adelante programas de publicaciones y se abocan especialmente a la formación de jóvenes investigadores/as a través de dirección de becas y de tesis de doctorado y maestría, y de la docencia de posgrado.